Trường Tiểu học Mỹ Thạnh Bắc được thành lập theo Quyết định số 21/UB.QĐ.92 ngày 12 tháng 12 năm 1992 của Ủy ban nhân dân huyện Đức Huệ, trên cơ sở tách trường phổ thông cơ sở xã Mỹ Thạnh Bắc. Đến ngày 29 tháng 8 năm 2018 theo Quyết định số 3813/QĐ-UBND huyện Đức Huệ sáp nhập Trường Tiểu học Mỹ Thạnh Bắc và Trường Tiểu học Mỹ Thạnh Bắc 2 thành Trường Tiểu học Mỹ Thạnh Bắc. Ngày 26 tháng 10 năm 2018 Trưởng Phòng Giáo dục và Đào tạo Đức Huệ có Quyết định số 1239/GP-PGDĐT cấp giấy phép hoạt động giáo dục tiểu học cho trường. Trường có 03 điểm trường, điểm trường chính và hai điểm trường lẻ. Điểm chính thuộc ấp 4 (khu vực Giồng Trôm) của xã Mỹ Thạnh Bắc, điểm lẻ phân hiệu 2 ở Bà Mùi, điểm lẻ phân hiệu 5 ở khu vực ấp 5. Lúc mới thành lập từ năm 1992 đến năm 1995 cơ sở vật chất của trường còn nhiều thiếu thốn chưa đáp ứng được với điều kiện dạy-học. Toàn trường có 10 phòng học trong đó 02 phòng tạm bằng mái tranh vách đất. Công trình vệ sinh chưa có, bàn ghế học sinh còn thiếu, chưa đúng quy cách. Từ năm 1996 đến nay, được sự quan tâm đầu tư của lãnh đạo các cấp, sự đóng góp của phụ huynh học sinh và các nhà hảo tâm nhà trường đã từng bước xây dựng, tạo sự chuyển biến về cơ sở vật chất như hiện nay.